Goodwin sinh ra tại Memphis, Tennessee, cha cô là Tim Goodwin, người sở hữu một phòng thu âm, và mẹ cô là Linda (née Kantor), sau nảy làm việc cho FedEx và Apple.[1][2][3] Goodwin đổi tên mình từ "Jennifer" thành "Ginnifer".[4]

Khi còn trẻ, Goodwin tham gia vào North American Federation of Temple Youth, và hoạt động tích cực trong BBYO tại Jewish Community Center ở Memphis.[5] Sau khi tốt nghiệp từ trường Lausanne Collegiate năm 1996, Goodwin đang ký học tại Hanover College (chuyên ngành sân khấu) trong vòng một năm cô chuyển đến Boston University's College of Fine Arts.